一般社団法人ジャパン・アスレティックトレーナーズ機構(Japan Athletic Trainers’ Organization, JATO)は、1996年6月13日（木）、フロリダ州オーランドで行なわれた第47回全米アスレティックトレーナーズ協会(National Athletic Trainers’ Association)年次総会の会場に程近いピーボディホテルにおいて日本人BOC-ATC（米国アスレティックトレーナー資格認定委員会公認アスレティックトレーナー）の地位向上などを目的として設立されました。JATOの設立には、NATAからの多大な支援がありました。

1975年、アメリカのアスレティックトレーナーの職能団体であるNATA、そしてその実践学問であるアスレティック トレーニング(Athletic Training)が我が国に紹介されました。1977年に日本人第1号のBOC-ATCが誕生しています。その後、国内でアスレティックトレーナー、アスレティックトレーニングに興味を持つ人が増加し続け、現在では450名を超える日本人がBOC-ATCを取得し、200名以上の日本人BOC-ATCが日本国内のスポーツ現場や医療機関、教育現場、企業・団体などをはじめとした様々な現場で活動しています。

2014年、それまでに培われてきたNATAとJATOの関係をより強固なものとするため、当時のNATA会長であるJim Thornton氏とJATO会長である泉秀幸らの尽力により、JATOは米国外の団体として初めてNATA公式アフィリエイトとして認定されました。さらに、2018年８月、JATOは、発足より20年あまりを経て、一般社団法人ジャパン・アスレティックトレーナーズ機構として登記されています。